南方医院心血管内科成立于20世纪50年代，在90年代曾引领冠脉介入风骚。1986年成为国家教委批准的硕士学位授权点，1994年成为博士后流动站和博士学位授予点 。1997年心血管内科研究室被审定为我校重点实验室。2000年被批准为全军心血管内科中心。2005年被卫生部批准为心血管临床药师培训基地。2005年被国家食品药品监督管理局批准为心血管临床药物实验机构。2006年被卫生部批准为内科专科医师培训基地和心血管内科亚专科医师培训基地。2007年被广东省教育厅批准为省重点学科——内科学（心血管）。2010年被广东省卫生厅批准为省重点临床专科。2012年被卫生部批准为冠脉介入培训基地和心律失常介入培训基地。2018年被卫生部批准为国家首批“房颤中心”和国家首批“心衰中心”。

南方医院心血管病实验室成立于1988年，以“心血管病研究室”命名，2013年更名为“心功能评价及分子靶向干预实验室”，属于器官衰竭防治国家重点实验室和国家肾脏病临床医学研究中心的重要组成单位。2021年成为“广东省医学休克微循环重点实验室”。实验室设施精良，研究室面积700平米，包括分子生物学实验室、心血管生理实验室、分子成像实验室、超声实验室、细胞培养室、共聚焦显微镜检查室等，拥有LightCysler480实时荧光PCR仪、振动切片机、冰冻切片机、荧光倒置显微镜、激光/荧光共聚焦显微镜、细胞培养超净台、超高分辨率小动物超声成像系统、生信分析服务器、超声微泡库尔特颗粒分析仪。

国家重点实验室副主任暨广东省医学休克微循环重点实验室主任为宾建平教授，心内科实验室主任为廖禹林教授。现拥有博士生导师12人，硕士生导师3人，其中省特支计划领军人才2人、省杰青1人、省医学领军人才1人、 省杰出青年医学人才3人。每年招收硕士和博士研究生约30名，近10年培养的学生中有3人成为博导，2人成为省杰出青年医学人才，多人成为硕导。实验室学术氛围浓厚，以常见心血管疾病为研究对象，探讨心肌缺血、心肌肥厚、心力衰竭、动脉粥样硬化、动脉瘤、瓣膜病钙化、血管重塑等病理现象的机制和寻靶治疗以及超声分子影像的研究。

复旦版《中国最佳专科排行榜》：从2016—2021年，华南地区排名均稳定在第四。中国心血管病科技影响力排行榜：排名稳中有升。